Como te ha dicho Buspencer es posible que estén en fase con respecto a la del medio, la via rápida sin liarse con códigos de colores en los cables es, supuestamente en este caso, cambiar el vivo por tierra, vivo= hot, tierra= gnd (ground), como la single solo tiene dos cables no es complicado, simplemente el cable que está soldado al selector de pastillas lo pones con todos los de tierra( generalmente en el pot de volumen) y el que está ahñi lo pones al selector. te olvidas de colores porque en este caso está bien claro, luego pruebas porque ya puestos a joder la marrana puede que una de las humbucker quede en fase, pero es raro, el proceso es el mismo, intercambia el que va a selector por el que va al volumen, no tocar los otros dos de las humb que son para hacer split.
Es la forma más rápida, porque el coñazo es que las pastillas van en el golpeador y montar todo, poner cuerdas otra vez...... y checkear señal con destornillador golpeando un poco, rozando con el metal la pastilla, te sirve para ver si hay señal o no pero para saber si está en fase ya hay que tner o mejor dicho conocer muy bien el efecto sonoro al golpearlas, es decir sin cuerdas, seguramente haya alguna forma, aprte clarode un medidor de señal.
De todas formas como te dice BudSpencer el bajón de volumen es considerable pero sobre todo el sonido, que es muy finito,nasal y sin graves ni cuerpo cuando están en fase, PERO en las ibanez, como en otras con dos humbuckers o 2 y una single, los sonidos split, esos del medio como tu dices, las posiciones 2 y 4, suenan siempre más bajas de volumen que las humbucker a pelo, el split o dividido es lo que tiene, no sé si te refieres a eso o ya lo habías experimentado antes de cambiar por las nuevas.
De momento, para oir si están en fase o no cambia la single es lo más sencillo y no te puedes equivocar, ni se rompe nada, prueba (con la FS1 single suele ocurrir, que cambias las humbucker de serie inf o las V por dimarzio y la central queda desfasada o al revés, que es lo mismo, pero no siempre es así...XD, por tocar las pelotas los caprichos de los fabricantes de no estandarizar colores,ni polaridades, que esa es otra...pero bueno, de momento yo probaría eso, es la más sencilla y rápida de cambiar.
Saludos.
P.s Me he dado cuenta de una cosa, en la posición central suenan las dos humbukers juntas, ahí no puedes notar ninguna caída de volumen, si la notas entonces cambia una de las humbucker, la quieras, da igual y se debería solucionar, no sé si te he liado...porque yo me estoy liando para explicarlo...