Tu problema es es siguiente:
Has puesto amplitube como una insercion FX, lo cual no destruye el sonido original.
Es decir, que al reproducir lo escuchas, pero no modifica tu grabacion.
Mi recomendacion como viejo usuario de reaper es la siguiente.
UNa vez que terminaste de grabar y estas satisfecho con el sonido final FX incluido,
Asegurate de tener seleccionada la pista que grabaste y ve al menu "Track" y en el desplegable seleccionas la opcion "Render selected tracks to Mono Stem Tracks and Mute Bypass the Original"
Eso hara que se genere una nueva pista Stem, con el efecto incluido y dejara muda la original, en caso de que necesites hacer alguna variacion mas adelante.
Ten en cuenta que hable de elegir del menu, la opcion mono Stem track, por una cuestion muy simple: Las guitarras se graban en Mono.
Te aclaro esto, ya que esa opcion sirve para muchas cosas y si alguna vez tienes una pista stereo que quieres guardar con ese proceso, deberas seleccionar la Opcion "stereo stem track"
Espero que esto sea de ayuda, sino puedes enviar un MP y charlamos.
Saludos!