Sin ser un experto te diré:
Que siempre se produce cierta latencia, y que la suma de procesos implica necesariamente un aumento de la latencia, haciendo que la que antes era inapreciable, debido a esa suma de latencia de los diferentes procesos, ahora lo sea.
En el caso que expones hay dos procesos y cada uno de ellos aporta su propia latencia, guitar rig y audicion cs6.
Las daw suelen incluir herramientas para compensar la latencia, te adjunto enlace de posibles soluciones
https://helpx.adobe.com/es/audition/kb/troubleshoot-recording-playback-monitoring-audition-1.html
Espero que te sirva de ayuda