Una cuerda nueva no la puedes afinar de golpe. Tienes que hacerlo poco a poco, para que asiente la cuerda, y la tensión no sea tanta...es decir, gira los clavijeros (en puente fijo) o los microafinadores (en puentes floyd) más despacio a lo hacías normalmente.
Antes de llegar a la afinación (sobre un tono antes o así) da de sí la cuerda haciendo pequeños bends a lo largo de todo el mastil.
Verás que se ha desafinado (lógico al ser nueva), pero sigue intentándolo hasta que por fin llegues a la nota que quieras.
Un saludo.!