Yo opino que si aunque cambiastes solo de .9 a .10 deberias llevarla con luthier a que calibre tu guitarra, para confirmar ve si la nota al aire concuerda con la nota en el 12vo traste
Osea poner las cuerdas y llevarla a caibrar digamos? Afecta en algo lo de que las ultimas cuerdas sean mas gruesas?
Por favor vamos a informar bien, no hay que llevarla a un luthier para comprobar eso, puedes ver tu mismo si está bien quintada y si no pues quintarla u octavarla tu mismo, si ves que no trastea y que todo está como antes y que el octavado está bien no hay que llevarla a ningún lado ni nada, no pasa nada por cambiar un poco el calibre de las cuerdas, de hecho casi todas las les paul vienen con cuerdas 10-46 de serie, así que lo mismo la tuya ya venía con 10-46 en vez de 9-42, también habría que ver si la guitarra antes del cambio de cuerdas estaba bien quintada, porque si ahora compruebas y está un poco ida no tiene porque haber sido el cambio de cuerdas.
La guitarra hay que ajustarla si necesita un ajuste... a veces un cambio de calibre no afectará nada y otras veces afectará mucho. Te recomiendo usar el buscador, que hay miles de hilos sobre ajuste y realizar las comprobaciones necesarias para ver en qué estado se encuentra.
De hacerlo, obviamente, es tras cambiar cuerdas... qué vas a arreglar si aún no se ha roto nada?