Yopoalex, es que la nota que sale de la guitarra no depende de la distancia entre los puntos de apoyo sino de la frecuencia de vibración de las cuerdas.
Por eso, aunque los distintos fabricantes usen escalas distintas (Gibson, Fender, PRS, etc.), el Mi de la primera cuerda siempre es el mismo y el La standard que sirve de referencia para la afinación convencional, siempre vibrará a 440 Hz.
http://www.lpi.tel.uva.es/~nacho/docencia/ing_ond_1/trabajos_05_06/io2/public_html/escalas.html
Otra cosa bien distinta es el timbre que consigas dependiende de esa escala, de las maderas, de los herrajes, del tipo cuerdas y, por supuesto, de las manos del guitarrista (por eso BB King suena a BB King).
Cuando tú giras las clavijas de afinar, lo que haces es que la cuerda vibre con una u otra frecuencia, más alta o más baja según la tenses o destenses, pero siempre a partir de dos puntos de apoyo en el puente y la cejuela que no varían.
A veces, con el cambio de calibre de las cuerdas debes mover ligeramente los apoyos del puente para que esa vibración se equilibre a lo largo de todo el diapasón cuando pisas (entonación, quintado, etc.), pero son diferencias milimétricas o menores del mm.
En el caso del encordado alrededor del cordal (wraparound) al igual que ocurre con el ángulo en la pala respecto al diapasón, lo que consigues es que las cuerdas "deslicen" con mayor o menor facilidad sobre esos dos puntos de apoyo (cejuela y puente), aunque como dicen algunos, puedes perder "sustain" en la nota (porque quizás la cuerda esté vibrando durante menos tiempo).
Saludos