Creo que te estás obsesionando y encontrarás defectos siempre.
Tómalo con calma y empieza desde cero.
Comienza por comprobar el alma...
si está correcta, pasa a bajar las cuerdas desde el puente hasta dejarlas bien pegaditas... y de ahí sube hasta que no tengas trasteos en los trastes del 12 en adelante (con la guitarra siempre afinada con afinador en "la 440"). Hazlo muy poquito a poco... sube un poco, afina, relajate y toca algún solo y unas cuantas escalas... no busques los trasteos, simplemente toca...
Si encuentras trasteos vuelve a subir muy poco, vuelve a afinar y vuelve a tocar. si te agobias déjala y continua al dia siguiente... no te lo tomes como un reto... Tienes toda la vida para ir perfeccionando el ajuste de tu guitarra.
Si no lo consigues... no esperes mucho para el cambio de cordaje... (un mes o así) Le pones el calibre que sepas que te gusta, de una marca de prestigio y comienza el proceso de nuevo.
No olvides partir primero del alma bien ajustada, tiene que tener un relieve mínimo pero debe haberlo...
Si con el proximo cordaje tampoco lo consigues, entones tendrás que comprobar si los trastes están nivelados... Sobre todo el 5 que es donde dices que choca y el traste 10 que es el que va antes del 11 que es en el que pisas cuando notas esos choques raros.
Prueba siempre los trasteos con el ampli... y a ser posible tocando con los auriculares puestos para no oir el sonido de las cuerdas, sino solo lo que suenan por las pastillas.
Ante todo calma, paciencia y práctica. Lee sobre ajustes, hay buenos artículos en este y otros foros... remirate los videos que encuentres en internet sobre construccion o seteo de guitarras... ve aprendiendo como funciona y así sabrás tomar decisiones a la hora de ajustarla...
Ajustar la guitarra no es complicado, pero es necesario tener cierto "tacto" para dejarla bien. No te desesperes. Seguro que lo consigues.
Un saludo.