Mirando el esquema original, probablemente el porque del control de presencia que no funcionaba correctamente, puede deberse al hecho que U9 debería ir cableado no a masa sino al punto donde se juntan R19 y la pata 3 del pote de presencia. No revisé la placa y no se que tan complicado podria resultar recablear eso correctamente pero es una de las posibilidades para mantener el circuito mas o menos fiel al original (con realimentacion y control de presencia en el PI).
Al estar U9 a masa y si se quiere eliminar el pote de presencia, la opcion mas simple ami criterio es no solo eliminar el pote sino también toda la relimentacion (como propone Lespaulhc), conectando el resistor de cola del PI (R19) a masa y desconectando totalmente R35 y el pote de presencia del circuito de realimentacion. Si se quiere se puede reutilizar el pote de presencia recableado como un control de tono justo antes del master y después del TS. Claro que la respuesta de la potencia va a cambiar.
Si se quiere mantener la realimentacion de potencia con control de presencia pero resulta muy complicado recablear U9 como es la primer opción, otra coa que se puede probar es implementar la realimentacion que tenía el viejo Fender 5F6. Se conecta R19 a masa (en lugar de pata3 del pote de presencia), se deja el pote de presencia con U20 y R35 como está y se cambia pata3 del pote de Middle que en lugar de ir a masa se cablea a pata3 del pote de presencia (donde el pote se une a R35). No es el mejor control de presencia pero al menos no se pierde la realimentacion.