El loop se usa, fundamentalmente, para meter por él los efectos de modulación (chorus, phaser, flanger, delay, tremolo, reverb, etc.). No es una ley escrita, pero es común coincidir en que así suena mejor. El sentido de esto es que el sonido de la guitarra pase antes por el previo del ampli que por el efecto. Aún así, lo que decía, sólo tú puedes probar y decidir. Es cuestión de gustos.
Se me olvidó responder a la segunda pregunta. Para usarlo, conectas un cable del send del ampli a la entrada del primer pedal de la cadena y otro cable de la salida del último pedal de la cadena al return. La guitarra por el input, claro. La cosa sería así:
Guitarra - pedales (distorsión, wha, etc.) - ampli (input) - ampli (send) - pedales (modulación) - ampli (return)
Un saludo