Prueba a grabar las subsiguientes capas con mas volumen que la primera capa high gain. De esta forma tendras la primera capa de alta ganancia con menos volumen para que la (s) siguientes y mediante el volumen tanto del pedal como de tu guitarra, suenen mas.
Es como.si al grabar algo encima no percibes bien la primera base, no se oye bien, se enmaralla todo el sonido