Creo que eso depende del sonido que quieras lograr. Ambas maneras son correctas: guitarra limpia para después poner simuladores de amplificadores, efectos y cabinas (Amplitube, Guitar Rig, LePou, impulsos, etc.), o grabar directamente el sonido de tu pedalera, si en realidad te gusta y no necesitarías modificarlo mucho después.
La ventaja del primer método es que puedes después jugar con multitud de sonidos, cambiando amplificadores y cabinas a tu gusto. Con la segunda opción estarías más limitado y sólo podrías aplicar ecualización, compresión y ese tipo de efectos a la señal para que suene mejor.
De ambas maneras, tienes que jugar después con la mezcla de todos los elementos para que todo en conjunto suene bien, pero eso ya es otro asunto.
con la me-25 puedes sacar algun sonido majete....pero no creo que iguale al software que existe hoy en dia....
si te gusta mucho su sonido, pues adelante, grabalo directamente...
el unico problema es que luego no te puedes arrepentir en la mezcla y cambiar el sonido...
con el software, como lo que grabas es la señal limpia, siempre puedes cambiar el sonido cambiando de preset o añadir y quitar efectos para que empaste mejor dentro de la mezcla...
pero si el sonido que le sacas es bueno, y es lo que buscas, entonces tambien puedes grabarlo directamente...eso si, ten cuidado con efectos tipo reverbs o delays, mejor añadelos despues, que una vez grabado si te has pasado o te has quedado corto no hay solucion muy limpia que se diga...sobre todo si te has pasado...