Yo no sé si te he entendido bien..
En los midi files,, debes cargarle un instrumento vst (hay muchos) dependiendo lo que le cargues te sonará de una manera u otra
Si es un midi, no veo problema en cargar un instrumento..
Si es un audio lo tienes un poquito más complicado.
Yo me imagino que te refieres a esto y no a entrar en la pista y editar el midi, cuantizar tiempos, modificar velocidad etc etc etc
Yo es que en cubase, no tengo ningún problema..
Importo la canción de la familia addams (recien descargada)...importar midi..
Y ya automaticamente me carga el multi instrumento halion sonic (lo podría cambiar por otra cosa, un hyper canvas por ejemplo)
Cada pista puedo cambiarla de intrumento, cuantizarla etc..
Este tipo de archivos suelen utilizar los 16 canales (un canal--una pista)
Pero es que no entiendo que problema tienes al cambiar de un instrumento o editar cada pista MIDI.