Coloca los tonos de la guitarra en 10, lo mas agudo.
Coloca todos los ecualizadores al medio,
Comienza a jugar de a poco sin exagerar, hasta encontrar la ecualización correcta.
Un poco difícil saber el porque, con la info que das, pero por tirar una idea, yo probaría bajar un poco las pastillas en la zona de la primera cuerda.
Por ir descartando cosas...
Creo entender que usas una pedalera y ésta la enchufas a un ampli. A ver si la señal está atravesando dos previos. Lo ideal si usas simulaciones de amplificadores es enchufar directamente a la etapa de potencia, y desactivar las simulaciones de pantalla (gabinete, altavoz, impulso, ...) de la pedalera.
En el caso de no disponer de una entrada que se salte el previo del ampli, enchufar directamente al ampli y setearlo lo más limpio y plano posible, para aprovechar la pedalera al máximo. Siempre desactivando las simulaciones de altavoz, pues usaremos el del ampli.
Yo empezaría por probar cada cosa por separado: sólo el ampli, sólo la pedalera, la guitarra en otro ampli/pedalera. Y en cada aparato yendo del sonido más sencillo hasta el que buscas, para ver dónde está el problema.