Por lo que dices, parece que los jack de entrada tienen suciedad o se han dado de sí. Me explico... cuando no hay nada conectado, el jack tiene unos contactos internos que se mantienen cerrados, llevando la señal de entrada del amplificador a masa. Cuando metes el jack se abre el circuito de masa para que pueda pasar la señal de la guitarra. Si por lo que sea, esos contactos no llegan a cerrar bien al sacar el jack, la entrada del ampli queda "al aire", y eso es como una antena que capta interferencias....
La solución... cambiar los jacks. De todas formas es una avería que no te va a afectar cuando estés tocando. Por que supongo que tocas con el cable metido, no?