No es necesario que utilices una escala por cada acorde en una progresion, puedes "agrupar" los acordes que pertenezcan a una tonalidad, los acordes que mencionas A - C#m - F"m pertenecen a la tonalidad de A mayor, podrias usar esta escala y llevartela tranquila, si en un momento te sales de los acordes que pertenecen a esta tonalidad ya tendrias que ver si es solo un acorde o puedes tambien relacionarlos a otra tonalidad...
Ahora, no quiero decir que lo que estas haciendo esta mal, igual es parte de tu estilo usar una escala por cada acorde, si este es el caso no queda mas que tener bien las referencias de los tiempos y conocer muy bien las escalas en todo el mastil para que cuando llegue el cambio de acorde puedas continuar en esa zona cambiando la escala, esto definitivamente es con practica...
Mi profesor me dice qe cuando cambian de acorde es bueno tocar por donde esta las notass por ejemplo cambia de acordee a do mayor y tienes q buscar en el mastil una de sus 3 notas que son do-mi-sol tocas cualquiera de esos y suena bien ... aunque no creo que haya resuelto tu duda jaj