Las pentatónicas mayor y menor (hay muchas otras) funcionan por tonos relativos, es decir, al tocar la penta menor de A también tocas la penta mayor de C, con la penta menor de E la mayor de G, con la menor de F# la mayor de A etc.
Lo importante de esto es que dependiendo de cómo articules las notas o de cual sea el acorde sobre el que tocas usarás una u otra debido a como suena todo en conjunto. Si estás tú solo lo que importa es la articulación de notas, si tienes un backing track por ejemplo el acorde de C, por mucho que quieras tocar la penta menor de A en realidad usas la penta mayor de C porque el acorde te marca la tónica de la escala.
Esto último es como en los modos, muchos que no saben dice: " como empiezo la escala de C mayor en D estoy tocando la escala Dórica de D" esto es correcto si no hay ningún backing track pero si suena un E/F en realidad esta persona toca la escala frigia de E desde la b7.
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Un saludo.