¿te refieres a cuando grabas el instrumento?
Revisa lo que te ha comentado frasco. También mira que las conexiones estén en buen estado (los adaptadores de "jack grande" a "jack pequeño" suelen fallar más que una escopeta de feria, y no digamos los que venden en los bazares chinos).
Otra posibilidad es que sólo hayas activado uno de los dos canales para grabar o para reproducir en el software.
Yo he grabado la guitarra (mono) con cable mono directamente en el PC, y como el programa no me dejaba escojer sólo un canal, me grababa dos canales (uno para la izquierda y otro para la derecha) pero que en realidad tenían el mismo contenido. Lo que hacía era borrar uno de los dos, y el que quedaba lo "panoramizaba" al centro en la mesa de mezclas virtual. Bueno, yo gastaba el Magix, supongo que con otro programa será diferente.
Gracias a todos, problema solucionado