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Si pusieras fotos sería mucho mejor.
Ese tipo de mancha es ocasionada por el sudor y aparece cuando el mástil tiene zonas sin lacar. No se tornará de ese color completamente, solo lo hará en las zonas donde falta laca o donde se ha desgastado lo suficiente como para dejar parte de la madera descubierta.
¿Efecto negativo? Más que nada sería algo estético. Tienes dos opciones: dejar el mástil como está siendo consciente que tendrás que limpiar frecuentemente la mancha pues volverá a aparecer una y otra vez o lacar el mástil para evitar que aparezca de nuevo.