Cuando movemos el tornillo de la selleta debemos olvidarnos del afinador... si tu tocas el tornillo aflojando o aprentando hasta que en el afinador parece dar la nota adecuada, lo estás haciendo mal, pues cuando afines al aire, pasará eso que comentas, estará mucho peor que antes.
Si la nota se va alta, aprietas el tornillo ¿cuanto? lo que se te antoje... vuelves a afinar al aire, compruebas el traste doce, si sigue alto, repite, aprieta... vuelve afinar... vuelve a comprobar... pero pasa de andar mirando el afinador (como si afinases) mientras mueves el tornillo, pues moverás siempre hacia el lado opuesto al que necesitas; y ese no es el método.