Hola buenas, si no te he entendido mal, lo que estas haciendo es poner un condensador entre la entrada no inversora del operacional y tierra, por lo que estas filtrando frecuencias altas (en el caso de que que pongas valores de capacitancia bajos), básicamente estas haciendo un filtro pasa baja que elimina frecuencias altas, por lo que explicaría que desaparezca el zumbido. El tema es no subir a un valor de muchos nF para no cargarte agudos del pedal.
Hay muchas modificaciones que se le pueden hacer a un Bigg Muff, las que mas se suelen ver son cambios en el control del tonestack (busca información sobre el AMZ tonestack por ejemplo) tambien cambiar la configuración de los diodos incluso añadir o quitar mas ganacia a las diferentes etapas cambiando las realimentaciones de los opamps.
#1 Tiene pinta de que el opamp está oscilando, o eso creo, vamos. Lo que se suele hacer para evitar eso es poner un condensador pequeño en la realimentación negativa (entre el pin 6 y el 7 en tu caso), de unos 47pF para empezar, y si no te quita el pitido se pone más grande.