Eso lo mejor es que te acerques a algun luthier, mas que nada para que veas alguna pieza de madreperla que sea parecida a las que restan en tu guitarra, no sea que vayas a poner una que se note a tres mil millones de kilometros que no es la original. Lo de cortarla y ponerla hay varios metodos, todos ellos explicados en videos y facilmente localizables por San Google.
No se de que parte de la peninsula eres, pero si hablas con los de la tienda de la que te paso el link podria ser que puedan asesorarte mejor:
http://www.herreraguitars.com/productos/nacar_incrustaciones
Tambien esta esta:
http://www.madinter.com/b2c/index.php?page=pp_productos.php&tbusq=1&ref=ref-137&md=1
No he visto que ponga Madreperla exactamente, pero por lo pronto hay algo semejante o que no esta en el catalogo (herrera guitars tienen mucho producto que no esta en el catalogo online, asi que por preguntar no pierdes nada)
Con esto no quiero decir que vayas a un luthier o tienda o lo que sea a que hagan el trabajo, solo a buscar la pieza de madreperla para que se asemeje al maximo a la pieza que ya no esta. Luego el trabajo, como ya he dicho, lo puedes hacer tu, hay tutoriales por internet.
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Y de paso te dejo el post de un forero que cambio el diapason y puso inlays nuevos, para que veas como puedes hacer tu para ponerlos. En tu caso no tienes que rutear nada, solo eliminar los restos de pegamento de la antigua incrustacion, ir limando la forma a la pieza, con cuidadito y presentandola para ver donde hay que limar un poco mas y luego pegar.
Espero haber sido de utilidad.
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Y ademas una lista de luthiers que rula por el foro, para que puedas buscar el que se queda mas cerquita de tu zona.
Saludos.