Suele haber 2 tipos de mensajes o comandos habituales en MIDI: "PC" (Program Change) y "CC" (Control Change). El PC (0-128) se utiliza para cambiar de patch o preset (PC #1 , el patch 1, PC #2 el 2, etc), luego esos valores de 0-128 corresponden con el número de patch.
El CC se utiliza para variar el valor de un parámetro individual, como puede ser el tiempo de un delay, el nivel de gain de un overdrive, etcétera. Los parámetros y valores dependerán de cada cacharro y efecto. El comando suele ser "CC #núm-parámetro #núm-valor"; el número correspondiente a cada parámetro y sus posibles valores deberían venir en el manual. Si un parámetro es de tipo on/off como activar/desactivar un efecto, seguramente sea 0 ó 1.
Por otro lado, tienes que configurar ambos cacharros (controladora y multi-efectos) para que utilicen el mismo canal MIDI.
Todo esto es genérico. Échale un ojo al manual de la Boss para ver cómo modificar los parámetros de los mensajes MIDI. Hay cacharros que tienen mapas MIDI fijos y otros que puedes asignarlos como quieras.