Si analizas cualquier riff verás que todos estan basados en una tonalidad. Puedes empezar haciendo una progresión de 4 ó 5 acordes, si quieres, y le vas metiendo notas de esta tonalidad entre acorde y acorde. Puedes ponerle algun cromatismo o nota fuera de la escala (esto serian notas de paso).
No digo que los riffs se creen de esta manera, ¡ni mucho menos!, pero es una manera de hacerte ver que sí que tienen una base teoricomusical.
Pienso que, por lo general, el guitarrista saca sus riffs acorde x acorde y nota x nota, o sea, sobre la marcha sin pensar en nada de teoría.