Fíjate si cuando le das a grabar los otras pistas no tienen el botón de grabación encendido (el circuito rojo)
Cada pista lleva un circulito rojo que si está activado graba en esa pista, también hay un recuadrito que pone M para mutear la psita que no quieres que se escuche, y otra que pone S para que sólo se escuche esa pista.
Si lo que quieres es que al reproducirlo no se escuche la pista que pusiste de guía, simplemente muteala con la M.
Asegúrate de que no hay más de una pista con el círculo rojo activado cuando grabas.