Supongo que practicas sentado, que es más fácil al principio adoptar posición correcta. Los dedos, en principio (luego las normas están para saltárselas con excepciones) tienen que presionar haciendo la menor fuerza posible; a menudo no es necesario que llegues a sentir el diapasón: lo que pone el límite a la cuerda en su longitud para que produzca un sonido determinado es el traste, y el dedo sólo una guía para que la cuerda apoye en él.
Si tocas la guitara española, o muchas acústicas de contornos tradiconales, la postura ideal es aquélla en la que sin tocar la guitarra con las manos ésta se mantiene estable en su posición, apoyada sólo en piernas abiertas y tórax. De pie es más complicado al principio, y más fácil adoptar postruras incorrectas que se acaben conviertiendo en vicios; resultado: dolores y mal sonido. De pie, con una guitara colgada, tenga la forma que tenga, también debería de mantener su posición sin sujetarla con las manos (muchas eléctricas cabecean, incluso modelos buenos, pero esto no deja de ser incómodo y un error de construcción en realidad).
Los dedos de la mano izquierda para hacer la menor fuerza posible tienen que caer sobre la cuerda en forma de arco, como si ésta fuera la base del arco, el arranque, y el nudillo del dedo la cúspide (dovela de intradós y clave, en lenguaje arquitectónico). Pura física, descomposición de fuerzas: la forma de arco reparte y transmite la fuerza de la forma más eficiente. Para la mano derecha el principio viene siendo el mismo, aunque la posición de brazo y muñeca varíen. El dedo gordo de la izquierda, por razones similares, cuando menos fuerza hace es apoyado de la mitad hacia abajo en la parte trasera del mástil mientras mantienes la muñeca en ángulo (que es el arco que reparte la fuerza del cojunto de la mano); esto en la guitarra española y tocando música clásica es canónico, pero en las acústicas y eléctricas es muy variable dependiendo de las posturas concretas que te exija tu estilo.
Muñeca, antebrazo y hombro, lo más relajados posible: ahí sí que no tiene que haber ninguna presión. El hombro erguido, que no se vaya hacia abajo o repercutirá en la espalda, en la zona del trapecio y en la de los riñones..
Naturalmente, no se puede mantener una posición ideal todo el tiempo, sobre todo en lo referente a dedos y muñeca izquierdos al cambiar de acordes y digitar algo complicado, pero lo que importa es que todo el tiempo se tienda a recuperar la posición correcta, y que los cambios sean excepciones. Es algo que se automatiza.
Bueno, y a la hora de aprender y practicar acordes que nos resulten complicados, que es de lo que te quejas, poco a poco, como con cualquier cosa: colocando dedo a dedo e intentando interiorizar la posicion, haciéndolo sonar bien cuerda a cuerda y analizando qué es lo que está pasando cuando alguna suene mal, y ya habrá tiempo de que pongas el acorde de golpe y te suene correctamente incluso dando hachazos con la derecha.
Además del menor esfuerzo físico, que te agradecerá tu cuerpo, te lo agradecerá tu sonido. No practiques lo mismo machaconamente: varía tus ejercicios y te cansarás menos, además de que te irán saliendo major, porque las repeticiones agarrotan. Cuando sientas cansancio o dolor, para y analiza de dónde procede ese dolor.
Que tengas dedos gruesos no será ningún impedimento. Mírate algún video de Andrés Segovia, posiblemente el guitarrista con un sonido más limpio y dedos como morcillas.
Si estás empezando, despacito y buena letra más que nunca, porque es mucho más fácil coger vicios que deshacerse de ellos después