Hola, la pentatónca que mencionas suena mas o menos bién ya que sus notas son (mi sol las si re) funsiona perfecto en Em no obstante en lo personal andaría con cuidado con la nota "sol" mientras estoy sobre el acorde D (re), lo que yo usaría es poner todas mis notas disponibles y hacer la escala ej: Em (mi sol si) y D (re fa# la) La escala quedaría (mi, fa#, sol, la, si, do, re, mi) bueno hasta aqui ningún misterio, es mi menor eólica, analizando las tensiones disponibles, quitandole la nota sol a esta escala, las notas restantes funsionan muy bien en los dos acordes, y quedaría (mi fa# la si do re). Sobre D tenemos ademas de las notas de la triada, mi,si, y do, que son la novena, 13, b7 respectivamente, y sobre el acorde Em ademas de las notas del acorde triada tenemos fa#, la, do y re, que son 9,11,b13, y b7, todas estas tensiones funsionan muy bien.
por otro lado puedes provar cambiando de escala cada cambio de acorde, por ejemplo escala menor o pentatonica menor sobre Em, y f# pentaónica menor cuando estés en acorde de D, bueno opciones hay muchas, espero que te sirva esto, saludos.
Si, lo que pasa es que esa nota en particular choca con la tercera del acorde y por eso no suena tan bien, de todas maneras no es que esté prohibido su uso, es que es de cuidado, es mejor si la llegas a usar, usala como nota de paso.