Yo con los años he ido usando cada vez menos las cejillas, bien usando el pulgar por encima del mástil sobre la sexta cuerda (la mayoría de las veces, a lo Hendrix o Clapton), bien con acordes sustitutivos como quintas más "amplias" (me encantan como suenan las quintas saltándome la sexta cuerda pero añadiendo la segunda y tercera), y sobretodo todo tocando sólo las cuerdas que quiero tocar (pura economía).
Claro que esto no vale para todas los estilos y tesituras, pero yo toco rock mayormente.
También es algo que me ha ido saliendo sin pensar porque me lo han ido pidiendo mis maltrechas muñecas.
Ahora que me fijo, más que un consejo para las cejillas, son consejos para no usarlas... Pero que no, ¿eh? que las cejillas también molan, niños y niñas.
Un truco o método que a mi lo que me sirvió fue modular el dedo índice sin hacer mucha fuerza, girandolo un poco e ir viendo como sonaba, probe tocar todas las cuerdas sólo con el índice hasta que le cogí el punto y ya no me da problemas
Algunos consejos que se me ocurren:
1) Vigila la posición y la altura de la guitarra cuando toques de pie
Tocar con la guitarra a la altura de las rodillas, encorvado como un orco de Mordor y con las greñas callendo por la cara como la niña de The Ring, queda guay, pero hacer cejilla con la guitarra tan baja complica mucho la flexión de la muñeca y la posición de la mano. Lo mejor es tener la guitarra a la altura aproximada que tendrías al tocar sentado y con la pala en ángulo, unos 20 o 30 grados respecto a tu cuerpo. Es dificil angular la guitarra si apoyas la misma sobre la pierna derecha (diestros) pero si la apoyas sobre la izquierda es más fácil (posición guitarra clásica). Si tocas de pie, algular la guitarra es una ceustión de costumbre.
2) Instrumento de práctica
Sé que esto puede parecer una tontería, pero no practiques la cejilla con tu guitarra eléctrica si después vas a tocar con la acústica, el principio es el contrario.
3) Practica
Al principio duele, y si dejas mucho tiempo sin hacerlo y tocas una sesión cañera con muchas cejillas te puede volver a doler, lo suyo es practicarlo, ser paciente. La mejor manera de practicar la cejilla es haciéndola en las canciones que la llevan, vigilándo que construyas el acorde con buena velocidad y que te suenen todas las notas que deben. Yo hacia un ejercicio que consistía en poner una cejilla con el dedo 1 y que abarcara todas las cuerdas y con los dedos 2, 3, 4 hacer una escala cromática en todas las cuerdas, es decir, pon la cejilla en el trate 5º y toca la cuerda E traste 8º con el dedo 4 y desciende (con los demás dedos) cromáticamente hasta que suene el A de la cejilla (cuerda E y 5º traste) y ve subiendo por las demás cuerdas sin relajar la cejilla y que suenen bien todas las notas.
El dolor es normal, pero NO SE DEBE ABUSAR, no se debería practicar más de 10 o 15 minutos diarios y con períodos de descanso.
Si se me ocurre alguna otra cosa la pongo...
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Se desesperan con las posiciones más populares del Fa Mayor o el Si menor, que suelen ser los primeros acordes con cejilla que les enseñan.
de a poco sale... 
