Pues aunque suene tonto, para aprender a improvisar (por lo menos para mi), debes improvisar...
Primero que nada, te recomiendo que busques una pista que te agrade suficiente...
Fijate en tus guitarrstas favirotos y encuentra algun riff, lick, o algun juego de notas que te guste...
Solo pon tu pista y empieza a darle a la guitarra!!! En tu improvizacion, trata de meter los licks o notas que te gustaron. Asi te darás una idea de como formar tus propios solos o que tu improvizacion se escuche bien...
Pero como lo mencionaron, la improvizacion es muy propia y muy al estilo de cada quien. Depende del feeling que le des...
Creo que te servira el conocimiento que tienes de escalas y demas, no estarás tan perdido a la hora de saber que trastes debes tocar y cuales no en alguna nota...
Esa es mi recomendacion, solo practica, mete cosas nuevas, hecha a perder tus improvizaciones con notas feas y demas, asi sabras que hacer y que no hacer a la proxima...
Saludos...