deacy, sube alguna grabación o vídeo para hacernos una idea mas concreta del sonido, para intentar ayudarte.
quiza dejas mucha pua fuera de tus dedos y como dura mas tiempo rozando la cuerda lo percibes mas trata de dejar solo la punta fuera de tus dedos, o tal ves tu angulo es muy grande casi vertical a la cuerda y por eso suena, o puedes intentar con una pua de otro material o forma.
una cosa si te digo, ese sonido de la pua contra la cuerda no se puede eliminar, siempre estara presente ahí no puedes hacer nada contra eso, claro que si tu lo percibes como problema es porque se debe notar mucho pero este ruido solo puede diminuirse no eliminarse.
a mi en lo personal me encanta que este presente en el alternate picking a gran velocidad le da una muy buena sensacion, se escucha como mas... "robusto" el sonido jajajaj algo así como a la MAB o Petrucci no se como explicarlo.
En fin suerte con tu problema!