He encolado y desencolado mangos de ese tipo, he puesto tornillos para colgar las correas justo en esa zona y te aseguro que no hay ningún problema en que coloques ese tornillo ahí, no vas a debilitar la zona y tampoco vas a llegar al alma, no te preocupes.
En todo caso, si ves que el tornillo es demasiado largo, recórtalo, tampoco pasa nada.
En cuanto a lo que comentabas de que tu guitarra tiene holguras en la zona del encaje del mástil en el cuerpo, no hay ningún problema en ello tampoco ya que esas holguras sólo se dan en la parte final, digamos que lo hacen a propósito para facilitar el trabajo ya que así el mango entra con suavidad sin que haya nada que oponga resistencia. Pero no te preocupes, unos milímetros más atrás el encaje hace buen contacto.
Si hiciese buen contacto también en el extremo final del mango no ibas a notar diferencias en el sonido de la guitarra ni en la estabilidad del encaje.
1