No pasa nada por mezclar varias marcas. Lo único es que tendrás que tener cuidado al conectarlas porque cada marca tiene su sistema de cableado. Creo recordar que duncans y dimarzios hay que conectarlas de cierto modo para que no estén fuera de fase entre ellas.
Es muy sencillo: en la zona del puente hay menor vibración de las cuerdas (y por tanto menos volumen) y el sonido es más agudo que en el mástil. Para compensar eso se suelen poner las pastillas con menos agudos y más salida en el puente y las más agudas y menos potentes en el mástil.
Como dice jorge5150, no es ni bueno ni malo, todo depende del sonido que busques.