Como principiante que me considero algo que siempre pasé por alto a la hora de prácticar fue mantener un buen Alternate Picking, y fuera de eso no prácticaba los ejercicios de las dos maneras posibles (Primero empezar con púa abajo, y luego con púa arriba), lo que en consecuencia se traducía en que siempre se tocaba de la forma más fácil.
Por ejemplo hay una progresión muy simple que si la toco con púa abajo puedo tocarla a determinada velocidad, pero si la empiezo con púa arriba me toca disminuir la velocidad considerablemente, esto debido a que cuando se cambio de una cuerda a la otra se hace más fácil o díficil dependiendo de como empiece el ejercicio.
Por ejemplo, en los compases 1 al 3, dónde empiezo con púa arriba, entonces cuando llego al momento de cambiar de cuerda se me hace más fácil cambiar ya que practicamente la púa queda más cerca de la cuerda siguiente y esta se ataca con un púa abajo, de esta manera se puede ejecutar el ejercicio a una velocidad más o menos rápida, pero en cambio en los compases 5 al 7 es más jodido el cambio de cuerda, esto debido a un fenómeno que Petrucci creo que llamo outside striking, que lo que quiere decir es que se ataca la cuerda desde afuera.
Por lo tanto mi recomendación es abordar todos los ejercicios tanto iniciando con púa abajo como púa arriba.