Bajar la ganancia de la distorsión.
Si dejas todas las notas al clásico "let ring" de un arpegio la saturación se va a ir sumando hasta parecerse a la de un acorde distorsionado.
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Tal y como te dice Ed_oBrien. Tienes que controlar la ganancia de la distorsión sino te pasa lo que dices. Es la cosa más común en las distorsiones.
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Hay que controlar la ganancia pero directamente hay amplis que por mucho que la bajes no dejan de mezclarse las notas... la calidad del ampli es algo muy a tener en cuenta también, puede que la bajes y sigas sin conseguir nada... y no es que haya nada roto ni que se pueda cambiar de otra forma, salvo quizá con pedales externos
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También puedes tocar suave para aprovechar la dinámica.