No conozco ni Audacity ni la pedalera que comentas, pero si dices que la enchufas por USB se me ocurre que quizá tengas configurado Audacity de tal forma que su fuente de grabación es lo que le llega a través de la pedalera. Eso explicaría que sólo se grabara eso.
Si el problema es ése, la solución es meterte en las opciones del Audacity, buscar alguna opción sobre la entrada de audio, fuente de grabación o algo parecido, y elegir como fuente todo lo que suene por tus altavoces en lugar de simplemente lo que entra por el puerto USB. La opción se podrá llamar algo así como "Lo que se oye", "Mezcla estéreo", etc. También puedes probar con unas y otras hasta dar con la buena.
En ocasiones esta configuración hay que hacerla desde Windows y no desde Audacity, si ése es el caso tendrás que irte a las propiedades de sonido de Windows y dentro de la pestaña de Grabación creo que hay que elegir "Mezcla estéreo" (en W7 se llama así, en otros Windows no lo sé).
Otra opción que tienes es juntar la grabación de tu guitarra con la canción que tenías puesta de fondo, usando algún programa de edición de audio o incluso una mesa de mezclas.
Para grabar en audacity encima de un backingtrack, o pista, primero descarga la pista en la pc, después abre audacity, y le das click a la pestaña de hasta arriba la que dice archivo, después de eso se abre otra ventana con más opciones, y le das click a la que dice abrir, y ya seleccionas el archivo en la carpeta que lo tengas, y ya aparece en la pantalla principal de audacity, y si le das grabar con tu lira, se grabara encima de esa canción que abriste antes, y cuando termines y le des reproducir, se escucharan los dos, y a la izquierda están los controles de volumen, para que tu decidas que tan fuerte quieres que se escuche, y ya no necesitas conectar nada al aux de la pedalera, porque cuando estes grabando encima de la pista, esta se reproducirá en tiempo real y se oirá mientras estas grabando encima de ella, no se si esto sea lo que querías saber amigo
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