No tienes que pensar en acordes, sino en melodia y armonia.
siempre hay un orden, la cuestion es que nunca es el mismo...lo que dice lyonard tiene mucho sentido xD pero dentro del caos de la composición siempre hay una estructura que se forma.
Por ejemplo.
Unas veces juegas con un par de acordes y dices: oh esto suena bien, compondré algo sobre ellos. Ahi tienes acordes como base para tu melodia.
Otras veces, lo que viene a tu mente es un canto, ahi dices: ah mira, esto me puede servir para una letra. Ahi ya tienes una melodia digna de ser armonizada de acuerdo con tu sentido auditivo.
Otra situación es cuando lo que tienes es una letra. En mi caso, creo que lo primero es tomar la letra y darle forma y métrica, como a manera de poesía, por ejemplo. Más adelante, de acuerdo con ese resultado, empieza a adaptarla a un beat, 4/4, 3/4, rápido, lento...ahi vas viendo. Posteriormente, puedes comenzar a tararearla, sin pensar en conceptos teóricos ni nada, tu oido te guiará. Ya ahi vas a tener una melodía basada en tu letra, es ahi cuando vas a empezar a armonizar.
Empezar por la letra me es complicado (es algo personal, a otros les resulta más facil), debido a que es la parte "menos musical" del proceso compositivo puesto que, aun sin ella, la cancion igual se puede hacer sin problemas.
La letra no tiene nada ver. La letra no se cuadra con la armonia, la letra no tiene nada que ver con la parte musical. Lo que tendrias que cuadrar es la melodia con los acordes, osea la melodia con la armonia, o viceversa.