Buenas!
No conozco el producto que mencionas, pero veo que lo describes como amp-in-the-room. En efecto, un amplificador en una habitación sufre variaciones de reverberación y ecualización por los modos y el tamaño de la habitación.
Los programas de emulación de amplificadores y pantallas normalmente suelen llevar también el último componente: emulación del micrófono que lo capta, tanto modelo como posición. Creo que ahí está la clave de lo que comentas.
Tú no escuchas sólo con un oído pegado al cono de forma direccional ignorando el resto de lo que suena por detrás como lo hace un micro. Tú pones el ampli en el suelo, probablemente no apunte ni a tu cabeza directamente, y escuchas los rebotes más que el sonido directo. O a lo mejor lo tienes elevado o inclinado y sí apunta a tu cabeza, pero sigues oyendo rebotes. Además, a esa distancia oyes todo el abanico del cono, no como cuando pegas un micro, que cambia mucho si lo pegas al borde del cono o al centro.
Seguramente sea por eso que te dé la sensación de sonar más realista. Es porque se han encargado de sacar ese sonido. Los software de emulación no se centran en eso.
Saludos!