Hola
El problema podría ser culpa de las ranuras de los trastes, debido a que son más profundos de la cuenta y/o el surco no ha sido rellenado con cola, sino que el traste queda sujeto únicamente por la presión que ejercen los pequeños dientes del traste en la ranura. El aire y los huecos en el diapasón, matan el sustain, que nó solamente se genera en el puente, sino también en el traste donde pisas.
Se nota mucho más en las guitarras con trémolo, ya que el trémolo ya de por si, resta algo de sustain, por lo que combinado con una ranura mal rellenada o demasiado profunda, resta muchísimo sustain.
Retrasteando una Ibanez de los 90 (tipo floyd rose), al quitar los trastes, noté que en ciertos puntos del diapasón, el surco llegaba hasta ver el alma de la guitarra. Dicha guitarra a medida que uno se iba acercando a los últimos trastes, cada vez tenía menos sustain.
Puse trastes nuevos (de acero) y saturé la ranura con superglue (se puede usar titebond, o cola, aunque mejor que cristalize y no quede "gomoso"), al probar de nuevo la guitarra todos esos puntos muertos habían desaparecido.
Otra solución más sencilla y económica, en guitarras con mástil atornillado, consiste en instalar ésto :
http://www.onyxforgeguitars.com/Insert%20kit.html
Ambas modificaciones, harían que una guitarra mejorara muchísimo.