no creo que sea necesario, pero si preferible, sino lo hacen tendrian que adaptarse para no sonar mal, de igual forma dependiendo de la afinacion de una cancion uno quedaria limitado a hacer solo arreglos o cosas por el estilo, yo por ejemplo tengo mi guitarra en drop C, con la cual puedo tocar cosas en afinaciones como el drop D o la standart pero talvez seria un poco mas dificil adaptarla es pecialmente si tiene cuerdas al aire, todo depende de las canciones, pero es mas logico y mas facil que ambos usen la misma afinacion.
Depende digamos del formato o como acuerden tocar en el grupo y a que te refieras con que cambia la afinacion, la baja medio tono o un tono, afina en posicion abierta?, si solo el otro guitarrista lo hace posiblemente no haya problema, el sabe que esta tocando con otra afinacion y hara los ajustes para sonar en la tonalidad que tienen la cancion, y si el bajista tambien cambia la afinacion casi es inevitable que tambien tengas que hacerlo...