Lo que sucede al afinar con intervalos iguales entre cada nota, es que dejan de presentarse los intervalos ''naturales'', como la tercera por ejemplo, en un piano no se puede tocar exactamente a la altura que es, igual que la sexta, etc. Por lo mismo muchos músicos dicen que en un piano o guitarra no puedes tocar un acorde perfecto, ya que los intervalos de tercera y quinta no son naturales.
La escala mayor propuesta por Pitágoras tenia un problema, algunos intervalos causaban disonancia, como las terceras, ademas de que sólo se podía manejar una tonalidad. Ésto hablando de instrumentos, claro. Para evitar éste problema, algunos músicos medievales optaron por usar la voz humana, que podía ajustar la afinación en el momento y así evitar los batimientos.
Ya para la época de Bach, se empezó a desarrollar una escala temperada, que funcionara en todas las tonalidades y los intervalos fueran aceptables. De hecho Bach escribió las primeras obras para ''clavesin bien temperado'', aunque se cree que no fue él (o sólo él) quien desarrolló la escala temperada.
Gracias a ésta escala se puede armonizar con terceras y sextas, algo impensable en la edad media y en la antigüedad, en ésos tiempos se usaban casi exclusivamente cuartas, quintas y octavas, todos éstos intervalos justos.
Saludos.