Mira, yo los entiendo asi:
Los modos son diferentes escalas que se aplican a los acordes de una determinada progresión, teniendo en cuenta su condicion de menor o mayor. Se usan para dar otro color a la tonalidad, no siendo siempre la progresión perteneciente a una tonalidad especifica. Por ejemplo, sobre el acorde Do, podes aplicar el modo jónico, lidio o mixolidio (que son los 3 modos mayores). Y sobre un acorde menor (como Mim) se vale tambien de 3 modos, que son el dorico, frigio y eolico. Eso, teniendo en cuenta los intervalos de cada modo en la tonica correspondiente.
Es decir, tienes 3 escalas posibles de aplicar en cada acorde de una progresión, comenzando desde su tonica.
Las escalas de las 12 tonalidades son como una forma de generalizar esos modos... Si cada acorde admite una escala con nada mas la alteracion en fa (Fa#) se puede tocar simplemente la escala de sol durante toda la progresion y no enrollarse tocando una escala para cada acorde.
Y eso de si podes aplicar los mismos acordes que usas en G que en Em no te entiendo mucho, pero estas 2 tonalidades comparten los mismos acordes y escala, con la unica diferencia en el centro tonal, que el oido las recibe con diferentes sensaciones
Cualquier cosa avisa si no entendiste, porque no soy muy bueno explicando..