A mí me pasa justo lo contrario: siempre peco de saber mucho más de música de la que sé aplicar al instrumento. En el Jazz pasa mucho, me dijo mi profesor de trompeta una vez. Hay gente que toca más y es más intuitiva (tipo gitano-rumano-tocar de oído) y otra gente, como yo, que le va estudiar y comprender para saber donde está y así poder aplicarla en el instrumento que quieras.
La ventaja de saber música es que la entiendes como tal: música. Y lo mismo da que te tiren una trompeta, que un violín, que una guitarra, armónica...a la que sabes como se ponen las notas, ya lo tienes """"""""dominado""""""""" (sí, muy entrecomillado, ¿se entiende,no?)
¿Por qué no buscas un libro de armonía que me encanta? Eso sí, lo debes leer un poco a conciencia y poco a poco y con la guitarra en mano. Te ayudará a situarte en las bases de armonía y relación escala-acorde.
http://www.amazon.es/Teor%C3%ADa-musical-armon%C3%ADa-moderna-M%C3%BAsica/dp/8485855310
Se encuentra PXiXRXAXTXA por internet.
Si quieres un método de lectura fácil de guitarra:
http://www.amazon.es/Moderno-Guitarra-Volumen-Partituras-S%C3%ADmbolos/dp/B00CYNST7W/ref=sr_1_6?s=books&ie=UTF8&qid=1418833399&sr=1-6&keywords=metodo+guitarra+volumen
Ser autodidacta es un camino largo y pausado. Un profesor aunque sea de vez en cuando, ayuda a avanzar muchísimo. Eso sí, tiene que ser un profesor que te enseñe lo que tú quieres que te enseñe. Yo tengo uno para aprender trompeta y jazz que voy pffff como una vez o dos al año, me da un clínic-pautas y a buscarme la vida. Y es que es eso. En realidad la música se aprende haciendo música y tocando con unos y con otros, como toda la vida de Dios. Pero si estudias un poco y te aprendes cuatro conceptos básicos o avanzados, te ayudan a expandirte, en teoría...porque hay gente, que a mi me ha pasado que te frena porque no te sales del cánon de lo que sabes.
En cualquier caso, te animo a que pruebes y decidas por ti mismo. Échale un vistacillo a los libros a ver si te van. Eso sí, tómatelo un poco en serio, si no...te aconsejo a que caigas en un círculo de músicos con más nivel que tú y a aprender a la vieja escuela: imitando hasta que surja tu personalidad.