Si bien cierto que usas solo intervalos de quinta para la base, y que en si mismos no son mayores ni menores por carecer de tercera, la base que tienes tiende a ser más "menor" que mayor. La razón es que en la tonalidad de Mi mayor, la nota sol y su quinta re son notas con sostenido, para mantener la relación de tono y semitonos de una escala mayor, en efecto : E F# G# A B C D# - escala de Mi mayor. Por lo tanto, para que fuese mayor tu progresion tendría que ser E5 G#5 A5.
En cambio en Mi menor (natural) tu tienes: E F# G A B C D. Las alteraciones de las escalas menores armonicas y melodicas no afectan la nota sol.
¿Do menor pentatonica? fíjate que esa escala posee la nota fa natural, la cual ciertamente no aparece en la tonalidad de Mi menor, no creo que sea muy buena elección a no ser de que quieras provocar disonancia. Toca Mi menor pentatonica o la de blues, para el estilo y tipo de música que estas creando.